清高宗解决困扰三代的准噶尔问题后平定大小和卓
清高宗乾隆二十三年（1758年），清军进入新疆天山南路，平定了大小和卓叛乱，维护了边疆的稳定和统一。
乾隆二十二年（1757年），清军经过两次征伐新疆伊犁地区，先后平定准噶尔首领达瓦齐和辉特汗阿睦尔撒纳的叛乱。乾隆皇帝总算搞定了让他们祖孙三代都头疼的准噶尔问题，维护了祖国统一。这场战争被列入乾隆皇帝十全武功。但是，乾隆皇帝还面临新的问题，那就是天山南路的大小和卓也造反了。
平定伊犁受降
清代对新疆天山南路，亦称“回部”，与天山北路的准部并称“南回北准”。
在准噶尔部势大的时候，为了控制天山南路，大小和卓被准噶尔当作人质软禁在伊犁。清朝平定准噶尔达瓦齐叛乱后，将大小和卓释放，并护送大和卓返回叶尔羌，统领旧部。留在伊犁的小和卓野心比较大，阿睦尔撒纳叛乱时，他也趁机起事，返回叶尔羌，于乾隆二十二年（1757年）自立为巴图尔汗，公开反叛清朝。
靖逆将军
乾隆二十三年（1758年）二月，乾隆皇帝任命兵部尚书雅尔哈善为靖逆将军，统兵万余人，从吐鲁番出发，进军天山南路征讨大小和卓。大军一路长途跋涉，三个月后抵达库车。小和卓霍集占率3000人马，从叶尔羌出发，经阿克苏、沙雅尔，前来救援库车城。
双方在库车城南一番激战后，霍集占大败，率残部约800人逃入库车城。霍集占见清军势强，偷偷带着几百人逃出库车城。清军围城数月最后只得了个空城，这让清高宗十分不满。当年清圣祖亲征准噶尔，福全就是因为“不即进军，明知济隆为噶尔丹游说以缓我师而故听之，坐失事机，上严旨诘责”。“十月，福全率师还，驻哈吗尔岭内，疏言：‘军中粮至十月十日当尽，前遣侍郎额尔贺图偕伊拉古克三谕噶尔丹，月馀未归，度噶尔丹已出边远遁。’”“上以福全擅率师内徙，待归时议罪，命即撤兵还京师，令福全及索额图、明珠、费扬古、阿密达留后。”最后以“不遵旨行事”“罢议政，罚俸三年，撤三佐领。”这次清军的所作所为在清高宗眼里和当年的福全没什么区别。主将雅尔哈善因此被革职拿问，清高宗诏令定边将军兆惠率兵南下平叛。
兆惠不敢怠慢，仅率数百精兵轻装从伊犁出发抵达阿克苏。抵达之后，兆惠不等各路清军集结，就先率四千人马攻打先率四千人马。但是这已经是十月了，如果不能速战速决，将来的严寒天气对远征的清军来说是一个很大的考验，局势对清军十分不利。
兆惠
兆惠见状便想到率少量兵力诱敌，结果自己带了一千多人正要渡河便被城内一万五千叛军包围。小和卓闻讯也亲率五千兵马前来合围兆惠。敌众我寡之下，兆惠只能就地挖掘壕沟死守。正在兆惠固守待援之时，好在定边副将军富德率5000兵马从乌鲁木齐赶来增援。得到增援后，清军声势大振，兆惠叛成功突围后打败叛军，叛军只得退回叶尔羌城中。由于天气入冬，清军劳师以远，不宜再战，遂退回阿克苏休整。
叛军趁清军撤退，占据和阗。当年准噶尔名将策零敦多布奇袭西藏，就是从和阗南部翻越昆仑山，出其不意灭了控制青藏高原的和硕特部势力。如此重地被占据，清军自然不会善罢甘休。乾隆二十四年（1759年）六月，高宗再次派清军再次出征，兵分两路讨伐大小和卓。定边将军兆惠和定边右副将军富德各领一万五千人马，攻克和阗，而后直扑叶尔羌。
叛军见清军如此势大，弃城而逃。清军穷追不舍，三战三捷，叛军主力损失殆尽。大小和卓率残部逃往巴达克山，被巴达克山汗素勒坦沙擒杀。
至此，大小和卓的叛乱被平定，新疆天山南北都重归平静，被完全控制在清朝统治之下。
这是清朝统一中国的最后一战，天山南麓再次归附于中国版图。西域底定后，清代中国疆域的正西端延至帕米尔以西的喷赤河流域，版图臻于极盛。邻近新疆的浩罕、布哈尔、安集延、巴达克山、爱乌罕（阿富汗）、博洛尔、乾竺特（坎巨提）等部落遣使入贡，臣属于中国。从此到道光年间，新疆、西藏再也没有大的动乱。
